Sabido es que no hay recetas ni herramientas mágicas para analizar la información generada por cualquier clase de metodología. En el caso de la información generada por los marcadores moleculares se debe ser cuidadoso en el diseño experimental y en el objetivo del estudio, favorecer el desarrollo de herramientas estadísticas precisas y robustas, tener siempre presente la hipótesis subyacente al estudio y testar su validez biológica. Así, el entendimiento y el alcance que sedé a los estudios que se desarrollen mediante el empleo de marcador es molecular es dependerán del grado de detalle analítico y del significado biológico que el investigador pueda hacer dada la cantidad, variedad y calidad de la información con que se cuenta y a partir del modelo que se aplique en el estudio.